Основными направлениями исследований и разработок НИИАТ в настоящее время являются:
нормативно-техническое и экспертное обеспечение технической эксплуатации автотранспортных средств,
технический уровень и конструктивная безопасность автотранспортных средств, применение топливно-смазочных и эксплуатационных материалов в транспортном комплексе,
научно-методическое обеспечение транспортной деятельности и региональные транспортные проблемы,
экологическая безопасность и устойчивое развитие транспорта,
управление перевозками грузов автомобильным транспортом,
управление транспортным обслуживанием населения,
безопасность дорожного движения,
экономические проблемы развития автотранспортного комплекса,
реализация Проектов ФЦП «Безопасность дорожного движения в 2006-2012 годах»,
проблемы разработки и применения современных методов и механизмов государственного регулирования деятельности автомобильного транспорта,
