Институт военного обучения Сибирского федерального университета создан в соответствии с решением Ученого совета университета от 21 апреля 2008 года (протокол № 4) и приказом ректора от 16 сентября 2008 года № 1137. В структуру института вошли Учебный военный центр и Военная кафедра. Так в целях усиления инженерной подготовки военных специалистов решено с 1 октября 2013 года переименовать Институт военного обучения в Военно-инженерный институт .
