В настоящее время в академии на 8 факультетах обучаются свыше 3 тысяч студентов и слушателей, аспирантов, клинических ординаторов, интернов, иностранных граждан.
В академии работают свыше 500 преподавателей, в том числе, свыше 87 докторов наук, профессоров; 3 заслуженных деятелей науки РФ, член корреспондент РАН, академик РАМН, 11 действительных членов (общественных) академий, 33 заслуженных врачей РФ, заслуженный изобретатель РФ, 2 заслуженных работника культуры РФ; 17 заслуженных работников здравоохранения, 5 заслуженных работников высшей школы, свыше 20 сотрудников имеют правительственные награды.
Подготовка и переподготовка, повышение квалификации медицинских кадров ведутся на 56 теоретических, клинических кафедрах и курсах. Клинические кафедры расположены на базе лечебных учреждений г. Оренбурга, что позволяет вести обучение в условиях непосредственной лечебной деятельности. Преподаватели клинических кафедр ведут лечебную работу в тех лечебных учреждениях, на базе которых расположены кафедры.
С 1995 года согласно требованиям Государственного стандарта академия реализует концепцию непрерывного профессионального образования (на этапах довузовской, додипломной и постградуентной подготовки).
Теоретические кафедры осуществляют подготовку врачебных кадров по фундаментальным дисциплинам медико-биологического профиля и гуманитарным наукам. Содержание обучения на всех кафедрах академии и по всем специальностям определяется учебными планами и рабочими программами, разработанными на основе соответствующего Государственного образовательного стандарта.
На клинических кафедрах студенты изучают основные клинические дисциплины, достаточные знания которых позволяют им получить первичную специализацию в области терапевтических и хирургических дисциплин уже на этапе преддипломной подготовки.
С 1986 года в медицинской академии на факультете последипломной подготовки специалистов реализуются различные по срокам и уровню подготовки специалистов профессиональные образовательные программы послевузовского образования дополнительного профессионального образования (интернатура, клиническая ординатура, аспирантура, повышение квалификации) и переподготовки специалистов. С 2005 года факультет последипломной подготовки специалистов реализует работу по Национальному проекту "Здоровье", в том числе и по подготовке кадров первичного звена. Факультет работает в соответствии с отдельными программами обучения для врачей общей практики, участковых терапевтов, участковых педиатров и специальной программе для врачей и медицинских сестер по дополнительному лекарственному обеспечению.
