Основным направлением деятельности ОАО «Беломорско-Онежское пароходство» являются перевозки экспортно-импортных грузов. В летнюю навигацию по голубым дорогам грузы доставляются в страны Европы, Северной Африки и Ближнего Востока. На экспорт перевозят практически все виды грузов - генеральные (в контейнерах, на поддонах, в пакетах), навалочные, лесные и минерально-строительные, которые следуют из портов Белого моря, Онежского и Ладожского озер, а также из внутренних речных портов России. Теплоходы пароходства активно используются в рамках транспортного коридора «Север-Юг», доставляя грузы из Европейского Сообщества на Каспий и Иран.
Круглый год обеспечивается транспортировка из государств Западной Европы и Скандинавии в страны Черноморского и Средиземноморского бассейнов. Около 5 миллионов тонн импортно-экспортных грузов перевозятся ежегодно судами пароходства.
В пароходстве организован собственный радиоцентр, где внедрены современные средства радиосвязи и телефонии, основанные на цифровых технологиях, что помогло оптимизировать затраты и повысить качество коммуникаций между береговыми службами и флотом.